암연구소 소개
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암연구소 소개
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연구실 소개
연구실 소개
흉부외과 연구실
Laboratory of Thoracic Surgical Oncology
본 연구실은 2000년에 시작하였으며, 현재 교수 1명, 조교수 1명, 연구원 2명으로 구성되어 있다.
환자 기원 폐암 조직의 whole transcriptome, whole exome sequencing 및 whole genome sequencing 등과 같은 NGS 기법을 통해 폐암 유발 돌연변이를 발견하는 연구및 공간전사체를 활용한 폐암 종양미세환경을 분석하는 연구를 진행중이다. 또한 서울대학교병원 연구중심병원 과제에 참여하여 폐암 맞춤 진단 및 치료를 위한 lung cancer panel 을 제작하여 임상서비스를 진행하고 있으며 오가노이드 기반의 폐암 멀티오믹스 플랫폼을 구축하고 있다.
참여 연구원
연구내용
본 연구실은 폐암, 식도암 및 흉선종과 같은 흉부 악성 종양 환자의 조직을 분석함으로써 암유발 돌연변이 발견, 암 예후예측에 대한 연구를 지속적으로 진행하고 있다. 연구 관심 분야의 세 가지 주요 주제는 흉부 악성 종양에서 새로운 driver mutation 발견과 폐암 패널 개발, 폐암의 오가노이드 구축이다. 본 연구실은 폐선암의 whole transcriptome sequencing 과 exome sequencing을 수행하여 KIF5B-RET의 새로운 유전자 융합을 발견하였고, KIF5B-RET 유전자 융합을 진단할 수 있는 FISH probe 를 개발하여 임상에서 그 유용성을 확인하였다. 또한 폐암 유발 유전자 중 융합유전자의 발생기전을 규명하였고, 융합유전자 돌연변이가 폐암의 진단 전 수십년 전에 발생함을 발견하였다.
또한 면역억제제 반응성을 예측하는 방법을 차세대 염기서열 분석으로 규명하는 연구를 진행중이다.
최근에는 폐암 패널을 개발하였다. 기존의 기술을 사용하여 driver mutation을 확인할 수 없는 환자에게 적합한 표적 약물을 선택하기 위해 서울대학교병원의 종양학그룹과 협력하여 우리의 패널 기술을 적용하였고 현재 병리과에서 임상서비스 중이다.
또한, 폐 오가노이드 프로토콜을 수립하여 최근 문제가 되는 신종 코로나 바이러스 (SARS-CoV-2)에 노출시키는 연구를 진행하였다.
종양미세환경을 해석하는 가장 최신 기술은 공간전사체 및 유전체 분석을 통해 폐암 연구를 수행 중이며, 이러한 데이터를 다루고 해석할 수 있는 다양한 알고리즘 개발하여 공개하였다
종양미세환경을 해석하는 가장 최신 기술은 공간전사체 및 유전체 분석을 통해 폐암 연구를 수행 중이며, 이러한 데이터를 다루고 해석할 수 있는 다양한 알고리즘 개발하여 공개하였다
본 연구실은 전 세계적으로 비흡연 여성 폐암에 대한 국제 연구 컨소시엄에 참여하고 다양한 GWAS 연구를 수행하고 있다. 다양한 연구 결과를 통해 흉부 악성 질환을 앓고 있는 환자의 장기 생존율을 향상시키는 최상의 치료 알고리즘을 구축하고자 한다.
연구목표
한국인 비소세포폐암 유전자 프로파일링 데이터의 고도화 분석을 통해 차세대 표적 발굴 시스템을 확보하고자 한다
연구성과
- Jeonghwan Youk, Taewoo Kim, Kelly V Evans, Young-Il Jeong, Yongsuk Hur, Seon Pyo Hong, Je Hyoung Kim, Kijong Yi, Su Yeon Kim, Kwon Joong Na, Thomas Bleazard, Ho Min Kim, Mick Fellows, Krishnaa T Mahbubani, Kourosh Saeb-Parsy, Seon Young Kim, Young Tae Kim, Gou Young Koh, Byeong-Sun Choi, Young Seok Ju, Joo-Hyeon Lee. Three-Dimensional Human Alveolar Stem Cell Culture Models Reveal Infection Response to SARS-CoV-2. Cell Stem Cell. 2020 Oct 21;S1934-5909(20)30498-7
- Sun-Wha Im, Jeesoo Chae, Se Song Jang, Jaeyong Choi, Jihui Yun, Soojin Cha, Nak-Jung Kwon, Yoon Kyung Jeon, Yoohwa Hwang, Miso Kim, Tae Min Kim, Dong-Wan Kim, Jong-Il Kim, Young Tae Kim A newly developed capture-based sequencing panel for genomic assay of lung cancer. Genes Genomics. 2020 Jul;42(7):751-759.
- Kwon Joong Na, Hongyoon Choi, Ho Rim Oh, Yoon Ho Kim, Sae Bom Lee, Yoo Jin Jung, Jaemoon Koh, et al. Reciprocal change in Glucose metabolism of Cancer and Immune Cells mediated by different Glucose Transporters predicts Immunotherapy response. Theranostics. 2020 Jul 25;10(21):9579-9590.
- Hee-Jin Jang, Hyun-Sung Lee, Daniela Ramos, In Kyu Park, Chang Hyun Kang, Bryan M Burt, Young Tae Kim. Transcriptome-based molecular subtyping of non-small cell lung cancer may predict response to immune checkpoint inhibitors. J Thorac Cardiovasc Surg. 2020 Apr;159(4):1598-1610.e3.
- Lee JJ, Park S, Park H, Kim S, Lee J, Lee J, Youk J, Yi K, An Y, Park IK, Kang CH, Chung DH, Kim TM, Jeon YK, Hong D, Park PJ, Ju YS, Kim YT. Tracing Oncogene Rearrangements in the Mutational History of Lung Adenocarcinoma. Cell. 2019 Jun 13;177(7):1842-1857.e21.
- Jeong-Sun Seo, Ahreum Kim, Jong-Yeon Shin, Young Tae Kim. Comprehensive analysis of the tumor immune micro-environment in non-small cell lung cancer for efficacy of checkpoint inhibitor. Sci Rep. 2018 Oct 1;8(1):14576.
- Jeong-Sun Seo, Ji Won Lee, Ahreum Kim, Jong-Yeon Shin, Yoo Jin Jung, Sae Bom Lee, Yoon Ho Kim, Samina Park, Hyun Joo Lee, In-Kyu Park, Chang-Hyun Kang, Ji-Young Yun, Jihye Kim and Young Tae Kim. Whole Exome and Transcriptome Analyses Integrated with Microenvironmental Immune Signatures of Lung Squamous Cell Carcinoma. Cancer Immunol Res. 2018 Jul;6(7):848-859.
- Seow WJ, Matsuo K, Hsiung CA, Shiraishi K, Song M, Kim HN, Wong MP, Hong YC, et al. Association between GWAS-identified lung adenocarcinoma susceptibility loci and EGFR mutations in never-smoking Asian women, and comparison with findings from Western populations. Hum Mol Genet. 2017 Jan 15;26(2):454-465.
- Wang Z, Seow WJ, Shiraishi K, Hsiung CA, Matsuo K, Liu J, Chen K, Yamji T, et al. Meta- analysis of genome-wide association studies identifies multiple lung cancer susceptibility loci in never-smoking Asian women. Hum Mol Genet. 2016 Feb 1; 25(3):620-9.
- Machiela MJ, Zhou W, Karlins E, Sampson JN, Freedman ND, Yang Q, Hicks B, Dagnall C, et al. Female chromosome X mosaicism is age-related and preferentially affects the inactivated X chromosome. Nat Commun. 2016 Jun 13; 7:11843.
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